在南宁，选择三甲医院还是专业鉴定机构做亲子鉴定，需要综合考虑多个因素，以下是具体分析：

• 资质方面三甲医院：并非所有三甲医院都具备亲子鉴定资质。部分综合三甲医院设立了独立法医物证科室，可受理司法亲子鉴定，还有部分医院通过与外部实验室合作开展相关业务。但总体来说，具备相关资质的三甲医院数量较少。专业鉴定机构：正规的专业鉴定机构都持有司法部颁发的司法鉴定许可证，且实验室通过 CNAS 认证等，资质齐全，能确保鉴定的合法性和可靠性。
• 技术设备与人员专业度方面三甲医院：一些大型三甲医院的基因科、遗传科等，拥有先进的医疗设备和专业的技术人员，在亲子鉴定技术方面也有一定的实力，如广西医科大学附属医院遗传科在怀孕亲子鉴定领域有着丰富的经验。专业鉴定机构：专业鉴定机构专注于亲子鉴定业务，配备有专门的 DNA 检测设备，如 ABI 测序仪、PCR 扩增仪等，并且鉴定人员需持有法医物证鉴定资格证书，具备遗传学或生物学专业背景，在亲子鉴定技术方面更为专业和专注。
• 检测项目与服务范围方面三甲医院：三甲医院的亲子鉴定服务项目相对较少，主要集中在常规的亲子鉴定以及怀孕期间的亲子鉴定，如南宁市妇幼保健院主要通过羊水或绒毛采样进行亲子关系确认。专业鉴定机构：专业鉴定机构的检测项目更为丰富，除了常规的司法亲子鉴定、个人隐私亲子鉴定外，还提供无创胎儿亲子鉴定、亲缘关系鉴定等多种类型的鉴定服务，如叔侄、姑侄、表亲等特殊亲缘鉴定。
• 隐私保护方面三甲医院：三甲医院在隐私保护方面有一定的措施，但由于医院的医疗流程和环境等因素，可能存在信息泄露的风险，例如在样本采集、检测过程中可能会涉及到多人经手。专业鉴定机构：专业鉴定机构通常对隐私保护更为重视，针对个人隐私鉴定，支持全程匿名委托，样本采用独特编码管理，检测报告可加密送达，能更好地保护客户的隐私。
• 费用与时间方面三甲医院：三甲医院做亲子鉴定的费用与专业鉴定机构相差不大，司法亲子鉴定收费区间一般在 2000-3000 元，无创胎儿亲子鉴定收费区间在 4000-4500 元左右。检测周期通常为 5-7 个工作日，部分医院可能无法提供加急服务。专业鉴定机构：专业鉴定机构的收费标准与三甲医院类似，司法亲子鉴定 2000-3000 元，无创胎儿亲子鉴定 4000-4500 元，部分机构提供加急服务，1-3 个工作日出结果，需加收 500-1500 元。

如果您对亲子鉴定的隐私保护要求较高，或者需要进行特殊亲缘关系鉴定等多样化的检测项目，专业鉴定机构是更好的选择；如果您更倾向于在医院环境中进行鉴定，且所在的三甲医院具备相关资质和您所需的检测项目，也可以考虑选择三甲医院。